在成本上，目前燃料電池在美國大概是每千瓦1500美元一2000美元，而國內100瓦的燃料電池也需要1萬元人民幣。通常來講，筆記本電腦和手機分別需要20瓦和1.5瓦的電池。燃料電池所需要的催化劑非常昂貴，也使得燃料電池在成本上尚無法和銼電池和鏗聚合物電池相抗衡。

另外，小型化也是燃料電池的關鍵瓶頸之一，由于燃料電池是一個電池系統(tǒng)，需要燃料盒等輔助部件，因此如何將燃料電池的輔助部件整合到電池系統(tǒng)中去，同時又不致于過多地增加功耗、尺寸和重量，也是個不小的難題。更何況，燃料電池的燃料甲醇也因其為有毒物質，不少地方還是禁止帶上飛機。可以說任何人對這些問題中的任何一點的突破，都將預示著大筆的財富（知識產權）將會在未來得到兌現。

另外，由于燃料電池取代銼電池還不切實際，不少專家認為，結合銼電池和直接甲醇燃料電池的混合式供電系統(tǒng)將成為未來便攜式電子產品的主流。比如臺灣勝光科技產品技術處的處長claivnSuh解釋為，電池供電有兩種基本特性。一是能量密度，一是功率密度。

由于燃料電池就好像一臺微型發(fā)電機一樣，它的能量密度較高，能夠長時間穩(wěn)定地供電。不過，它的功率密度較低，又必須借助銼電池供電。而且，燃料電池可以在手機處于空閑狀態(tài)時給鏗離子電池充電。索尼鏗電池之父西美緒同時也提醒，混合型電池系統(tǒng)的一個必要前提便是，必須成功降低燃料電池的生產成本。

杜邦燃料公司預測，2007年燃料電池市場將真正啟動。市場研究機構ABIReseareh的報告也指出，2004年到2006年將是燃料電池原型展示、產業(yè)供應鏈形成的階段，2006年至2008年則開始有早期采用的產品出現，包括筆記本電腦和手機等。到2008年，就將進人到甲醇燃料電池大量生產的階段，市場開始正式起飛。AIB甚至預測，2008年燃料電池的出貨量將達到4000萬個。