磷酸鐵鋰離子電池一般被認為是不含任何重金屬與稀有金屬(鎳氫電池需稀有金屬)，無毒(SGS認證通過)，無污染，符合歐洲RoHS規定，為絕對的綠色環保電池證。所以鋰離子電池之所以被業界看好，緊要是環保考量，因此該電池又列入了十五期間的863國家高科技發展計劃，成為國家重點支持和鼓勵發展的項目。隨著我國加入WTO，我國電動自行車的出口量將迅速增大，而進入歐美的電動自行車已要求配備磷酸鐵鋰離子電池。

但有專家表示，鉛酸蓄電池造成的環境污染，緊要發生在公司不規范的加工過程和回收解決環節。同理，磷酸鐵鋰離子電池屬于新能源行業不錯，但它也不能戒備重金屬污染的問題。金屬材料出產中有鉛、砷、鎘、汞、鉻等都有可能會釋放到灰塵和水中。鋰離子電池本身就是一種化學物質，所以有可能會出現兩種污染：一是加工工程中的工藝排泄物污染；二是報廢以后的電池污染。

磷酸鐵鋰離子電池也有其缺點：例如低溫性能差，正極材料振實密度小，等容量的磷酸鐵鋰的體積要大于鈷酸鋰等鋰離子電池，因此在微型電池方面不具有優點。而用于動力鋰離子電池時，磷酸鐵鋰離子電池和其他電池相同，要面對電池一致性問題。