燃料動力電池作為一種能量轉換率高，循環壽命長的清潔型新能源，在電動汽車、分散電站、備用及輔助電源、便攜式電源、可移動電源、特殊場合動力源及特種領域有著廣闊的應用前景。燃料動力電池應用重要歸納為三方面。

3.1交通運輸

電動汽車，包括大型公共汽車、貨車、小臥車、汽車等，要求在動力系統中的重量、成本、壽命、一次加燃料行駛距離等方面均能優于或等于現代內燃機式汽車。同時也包括船舶，如特種、貨船等。它的特點就是用燃料動力電池裝備的特種沒有紅外信號排放，所以不易被對方發現。德國、瑞典均在發展這類特種。將來還可以發展電動火車頭，可建成完全省去架空導線的電氣化鐵路。就電動汽車而言，燃料動力電池汽車在乘客空間，運行里程，運行安全及造價方面都足以與傳統汽車競爭。此外,它還具有燃料效能高和噪音、污染小的優點，是未來汽車發展的重要方向之一。

3.2固定式電站

目前燃料動力電池適合中、小型燃料電站，根據科學家的預測，未來的電網系統很可能是現有的大電網和中小燃料電站共存狀態。大電網系統有其優越性的同時，也存在無法防止的缺陷，因為高電壓長距離輸電時有6%一8%的損失，如熱量損失等。假如利用分散的中小型燃料電站，建立在公寓、大學校園、醫院、超級市場等處，就可以減少大電網送電損失（輸氫損失一般僅為3%）。據資料報導，像美國這樣電力工業已很發達的情況下，對燃料動力電池的市場要依然很大（約為17000MW以上），所以說中小型分散電站，有其獨特的優越性。作為人口大國，我國亦將是這樣。現在，美國lPugoPwer公司已推出一種家用3kw-5kw級的燃料處理器（實際上就是將天然氣加工成氫的裝置）PEMFC發電裝置，估計所發電量的成本可比利用電網降低20%。可以想象，其優越性是很明顯的，其市場也不可忽視。

3.3流動性電源

據墨西哥一家公司報道，他們準備用酒精溶液作燃料，經PEMFC制成移動電源。該電源供應的電力可供移動電話使用半年，并將在一年半后正式上市。由此可見，關于信息技術高度發展的今天，其市場空間可想而知。這種移動電源在農村，也有廣闊的空間。假如將低溫電源用在打谷場上，打谷場沒有火源就不會發生火災，因為這種燃料動力電池的工作溫度在100℃以下。傳統的熱發電重要是熱化學化和機械化的過程，即需經熱化學燃料反應，首先得到蒸氣，經汽輪機再經發電機才能得到電力。而燃料動力電池才是真正的直接從燃料（氫）得到電力，即電氣化。PEMFC具有高功率密度、高效率、低成本等特點。可想而知，今后它將具有廣闊的市場前景。