燃料動力電池發展的重要障礙就是成本高、制氫過程復雜，整個加氫和供氫的配套網絡則要從頭建設。氫氣通過電解或蒸汽重組的方法得到。不過這兩種方法成本頗高，制造同樣質量的天然氣所需的成本為制氫的1/2甚至1/3。

鋰離子電池生產成本相對較低，此外其重復充電利用非常方便，相比其他可攜帶能源，其具有更高的成本效益。

性能比較

雖然各國都在大力推廣電動汽車，但其占比依然很低。其根源就在于電動汽車違反了能量密度提升這一變革邏輯。哪怕是最新一代的鋰離子電池車，其能量密度極值也只有汽油的1/40。

而燃料動力電池的出現卻徹底改變了這一現狀。其能量密度是汽油的3倍，電動機的做功效率還是內燃機的2倍，實際密度是汽油的6倍，優勢明顯。

安全比較

鋰離子電池作為封閉的能量體系，從原理上高能量密度和安全性就很難兼容，否則就等同于炸彈。因此現在主流工藝路線中，能量密度低的磷酸鐵鋰安全性卻較好，電池溫度達到500-600度時才開始分解，基本不要太多的保護輔助設備。

綜合上述激烈的比較情況里看，燃料動力電池無疑是未來社會發展的重點工程項目。燃料動力電池使用的燃料是氫氣，目前的來源重要還是石化產業的副產物，而電解水制氫效費比較低，光解水目前還處在實驗室階段離產業化還很遙遠，也就是說燃料動力電池實際上還是與石油產業緊密關聯的，FC-EV并沒有打破目前汽車工業和石油產業這種緊密聯系的戰略格局。而鋰電純電動汽車情況則大不相同，電動汽車充電的電能來源具有多樣性并不僅僅局限于電網體系，而電網體系也就是大能源產業跟石化產業的依賴程度各國的情況并不一致，比如我國目前以煤電為主法國以核電為主而美國則是以油氣為主但能源結構多元化，但總體而言電網對石化產業的依賴程度并沒有汽車產業那么緊密。